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PepDesigner

표적 단백질 구조를 기반으로 결합 펩타이드를 설계하고 후보를 우선순위화하는 플랫폼.

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무엇을 하는 서비스인가

PepDesigner 는 표적 구조에서 출발해 결합할 만한 펩타이드 서열을 만들고 줄 세웁니다. 결합력·안정성·물성을 예측해 어떤 후보를 먼저 합성할지 정하는 데 씁니다.

쓰는 순서

1. 표적과 결합 부위 — PDB ID·UniProt·서열 중 하나로 표적을 지정합니다. 결합 부위 잔기를 알면 함께 넣습니다 (모르면 비워 둡니다)
2. 결합 파트너 — 필요하면 추가합니다
3. 설계 — 생성 개수와 펩타이드 길이 범위를 정합니다
4. 에너지 계산 — MD·결합 자유에너지 단계를 켤지 정합니다
5. 후보 확인 — 순위표를 보고 내보냅니다

주의할 것

예측 점수는 순서를 정하는 데 쓰는 것입니다. 점수가 높다고 결합이 확인된 것이 아닙니다. 상위 후보 몇 개를 실험으로 확인하는 것까지가 한 묶음입니다.

길이를 너무 넓게 잡지 마십시오. 범위가 넓을수록 계산이 오래 걸리고 후보가 흩어집니다.