분석 가이드

결과 해석

어떤 숫자를 어떤 순서로 볼지, 그리고 무엇을 믿으면 안 되는지.

보는 순서

1. QC 요약 — 여기서 걸리면 아래 수치는 볼 필요가 없습니다
2. 정렬률 — 참조 유전체가 맞는지 알려 줍니다
3. PCA — 그룹이 갈리는지, 배치 효과가 있는지
4. 차등발현 — 위 셋이 멀쩡할 때만 의미가 있습니다

QC 에서 걸리는 것들

정렬률이 낮습니다(70% 미만). 대개 참조 유전체가 종이 다르거나, 어댑터가 남아 있습니다.

중복률이 높습니다. 라이브러리 복잡도가 낮다는 뜻입니다. 입력량이 적었을 때 흔합니다. 결과를 못 쓰는 것은 아니지만 발현량 해석에 주의가 필요합니다.

믿으면 안 되는 것

p-value 만 보고 고르지 마십시오. 다중검정 보정 뒤의 값(FDR)을 보아야 합니다. 보정 전 p < 0.05 는 유전자 2만 개 중 1천 개가 우연히 걸린다는 뜻입니다.

fold change 가 큰 것이 중요한 것은 아닙니다. 발현량이 아주 낮은 유전자는 작은 변화도 큰 배수로 나옵니다. 기저 발현량을 함께 보십시오.